随着许多重要作物及植物全基因组测序的完成,科研人员对精准、快速、无损获取植物表型信息的需求日益增加，功能完备的表型信息采集设备和表型信息分析技术将成为推动表型组学发展的加速器。上海农业科学院与上海泽泉科技股份有限公司，结合双方各自的优势，在上海农业科学院奉贤庄行试验站共同创立植物表型技术研究平台。这也是省级农科院中最具代表性的植物表型组学专业研究平台，也是院企合作建立研究型平台的创新尝试。
上海农业科学院庄行试验站-泽泉科技植物表型技术研究平台 | |
地址 | 上海市奉贤区叶庄公路888号上海农业科学院庄行综合试验站 国家新品种测试（上海）分中心二期基地 |
联系人 | 徐培俊 18621585050 |
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“上海农业科学院庄行试验站-泽泉科技植物表型技术研究平台”科研服务涉及的植物种类：
目前平台已建成的大型设备：
>>高通量植物基因型-表型-育种服务平台，温室型高通量植物3D表型成像系统
温室型高通量植物表型平台-Scanalyzer 3D是一套可以全自动、高通量对大量植株（从幼苗到成熟植株皆可）进行成像的系统。系统无需人工干预，能在可控条件下连续监测成千上万的植物。可选VIS、NIR、IR、根系NIR成像、荧光成像中的一种或多种，获得完整的植株3D成像信息。“上海农业科学院庄行试验站-泽泉科技植物表型技术研究平台”3D安装了可见光（VIS）成像和近红外（NIR）成像及相应的分析。
目前，平台已针对小麦、水稻、玉米、黄瓜、番茄、辣椒、杨树、丹参等多种植物进行3D表型服务，服务内容涉及胁迫生理，生长模型构建、生长势评价等领域。
● 可见光（VIS）成像可测量参数
植株 | 叶片 | 花 | 果实 |
植株结构、冠层幅度、植株高度、宽度、密度、对称性、叶片数量、茎秆长度、生物量、生长速率、骨架数、开展度、叶片角度、α角，叶与茎的上夹角、冠层或测量偏心率、颜色分布及变化、生长速率、表型指纹图谱 | 数量、长度、宽度、叶片面积、叶片周长、叶片颜色分布及变化、叶片病斑、叶片对称性、叶片偏心率 | 花瓣数量、花瓣面积、花瓣颜色分布及变化、花瓣对称性、花蕊形态、果实萼片形态分析 | 长度、宽度、面积、颜色变化、曲率、果实体积拟合、果肉 |
● 近红外（NIR）成像可获得植株相对含水量分布进行水力学研究、胁迫生理学研究等。
服务内容： 各种植物苗期至成熟期的栽培管理、3D成像及数据处理。
>>实验室高通量植物成像系统Scanalyzer HTS
可以全自动、高通量对大量小植株进行成像的系统，可以选择配置可见光（VIS）成像、近红外（NIR）成像、红外（IR）成像、荧光成像或激光扫描3D成像（只适合高度15cm以下的小植株）中的一种或多种。系统无需人工干预，能在可控条件下连续监测成千上万的植物。上海农业科学院庄行试验站-泽泉科技植物表型技术研究平台”HTS安装了可见光（VIS）成像、近红外（NIR）成像和红外（IR）成像及相应的分析。
目前，平台已针对拟南芥、玉米种子、烟草蒴果、荞麦幼苗等多种植物进行HTS表型服务，服务内容涉及胁迫生理，生长模型构建、生长势评价等领域。
● 可见光（VIS）成像可测量参数
植株 | 叶片 | 花 | 果实 | 种子 |
植株结构、冠层幅度、植株高度、宽度、密度、对称性、叶片数量、茎秆长度、生物量、生长速率、骨架数、开展度、叶片角度、α角，叶与茎的上夹角、冠层或测量偏心率、颜色分布及变化、生长速率、表型指纹图谱 | 数量、长度、宽度、叶片面积、叶片周长、叶片颜色分布及变化、叶片病斑、叶片对称性、叶片偏心率 | 花瓣数量、花瓣面积、花瓣颜色分布及变化、花瓣对称性、花蕊形态、果实萼片形态分析 | 长度、宽度、面积、颜色变化、曲率、果实体积拟合、果肉 | 种子计数、种子形态、种子病害、结实率拟合、种子净度分析、种子发芽率、种子发芽速率、稻穗面积、稻穗颜色、稻穗长度、稻穗最大长度、稻穗结构、稻穗骨架 |
● 近红外（NIR）成像可获得植株相对含水量分布进行水力学研究、胁迫生理学研究等。
● 红外（IR）成像可获得植株相对温度分布等。
服务内容：各种植物苗期至成熟期的栽培管理、HTS成像及数据处理。
>>高通量植物基因型-表型-育种服务平台室，高通量基因分型系统
AgriphenoTM高通量基因分型检测平台包括高通量Oktopure DNA提取仪、Nexar
模块化内联液处理与分析系统、Soellex高通量PCR水浴热循环系统和Araya内联荧光检测系统。
模块化内联液处理与分析系统、Soellex高通量PCR水浴热循环系统和Araya内联荧光检测系统。Oktopure DNA提取仪采用磁珠的方法提取DNA，通量达到800个样本/3小时。同时，适用于多种样本类型的DNA提取，包括植物叶片、种子，毛发、血方卡、精液、口拭子、唾液、组织等。提取的DNA适用于多种下游应用，如基因分型、一代测序、二代测序等。
Nexar高通量吸取样品DNA和引物、mix至384孔卷带并封膜。Soellex对封膜完成的卷带进行PCR水浴热循环，每次最多可达230,000个样本。Araya对水浴完成的卷带扫描分析，28秒扫描一张卷带。
AgriphenoTM基因分型采用KASP（Kompetitive Allele Specific PCR）原理，对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型。反应体系仅1.6 μl，具有高通量、低成本，准确率和检出率接近100%的明显优势。
“上海农业科学院庄行试验站-泽泉科技植物表型技术研究平台”将面向长三角科研院所及育种企业提供共享式的开放服务，目前已可以提供植物生理学、农业科学、植物病理学、遗传育种、突变株筛选、植物形态建模、植物胁迫生理学、植物水力学等研究。