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大豆circRNA鉴定 | 用户文章

作者:联川生物技术公司 2017-08-14T09:13 (访问量:5284)

题目:Genome-wideidentifcation and characterization of circular RNAs by high throughputsequencing in soybean


1.研究背景

环状RNA(circRNA)是一种新型的内源性非编码RNA3'和5'末端的共价键形成环形结构。大豆是一种古老的四倍体,大多数大豆基因是具有多个拷贝的旁系同源基因。尽管已在动物和植物中鉴定了许多circRNA,但是对于大豆circRNA,特别是有关衍生自旁系同源基因的circRNAs仍然是未知的。


2.研究目的

本研究利用高通量测序技术及RNase R富集策略,通过生物信息学分析方法,揭示大豆中circRNA种类及功能。

取材:三叶期大豆收集茎、根和成熟叶片(各三个重复)


3.研究内容

利用高通量测序技术共鉴定出大豆5372个circRNAs,其中约80%的circRNA是由旁系同源基因产生的旁系同源circRNAs。尽管旁系同源基因序列具有高度同源性,其也可产生不同表达模式的不同的旁系同源circRNAs。数据分析结果显示,2134个circRNA经模拟预测后靶向92个miRNA。circRNAs和circRNA异构体在大豆中表现出组织特异性表达模式。基于circRNA宿主基因的功能,大豆circRNAs可参与许多生物过程,如发育过程,多重生物过程和代谢过程等。

本研究不仅为大豆中circRNA的功能研究奠定了基础,也为植物circRNA研究提供了新见解。

图 大豆中circRNA-miRNA互作网络图

(a)大豆中2134个circRNA(红色圆圈)和92个miRNA(绿色圆圈)组成的互作网络图。

(b)大豆中57个差异表达的circRNA(红色圆圈)和它们靶向的miRNA(绿色圆圈)网络图。

(c)大豆不同组织中gm01circRNA174,gmamiR1513a和Glyma10g26670的表达分析。

(d)大豆不同组织中Gm03circRNA1785,gma-miR167c和GmARF6 / GmARF8的表达分析。

4.用户文章

ZhaoW,et al. (2017) Genome-wide identifcation and characterization of circular RNAsby high throughput sequencing in soybean. Scientific RepoRts. DOI:10.1038/s41598-017-05922-9

本研究中的circRNA测序服务由联川生物提供

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