东北林大王峰组:多组学联合分析揭示杨树应答锈菌侵染的机制-技术前沿-资讯-生物在线

东北林大王峰组:多组学联合分析揭示杨树应答锈菌侵染的机制

作者:联川生物技术公司 2016-06-13T09:19 (访问量:2617)


马上能用的分析技能!联川生信培训营,约吗?(第三期6.24~26)

目前仅剩1/3席位,回复“培训”,马上报名!

-------------------------------华丽的分割线------------------------------

研究背景

由松杨栅锈菌引起的锈病是最具破坏性的杨树疾病之一。锈菌被认为是遗传学研究的模式病原体,因为无论是它的病原体基因组还是宿主基因组都能在相应的数据库找到。杨树中的“Robusta”对一般锈菌的抗性难以抵御强毒性锈菌E4,为研究锈菌抵抗性或易感性相关的基因调控提供了合适的宿主材料。在这项研究中,来自东北林业大学林学院王峰课题组探讨了miRNA介导的与强毒性锈菌感染有关的杨树易感基因的表达调控,尤其描述了集中在特定miRNA的病原体-宿主相互作用。

研究结果

为了研究杨树对松杨栅锈菌的易感性,通过高通量测序分别对接种过锈菌和未接种锈菌的易感性杨树“Robusta”进行sRNA文库、降解组cDNA文库及数字基因表达谱(DGE)文库构建。结果共鉴定出12,722种相互调节作用。这个结果描绘出受到强毒性锈菌感染的易感性杨树基因表达的转录后调控框架。这个结果表明,强毒性锈菌E4感染诱发病原体相关分子模式(PAMPs)和PAMP引发的免疫反应,且在这个阶段miRNA仍在发挥作用。这个阶段之后,miRNA调控的R基因,如TIR-NBS-LRR 和 CC-NBS-LRR就不完全发挥作用。此外,参与锈菌应答的miRNA不调控与水杨酸介导的通路或超敏反应相关的信号组成基因。


图1 杨树应答锈菌感染的miRNA和其靶基因的转录后分析

研究结论

研究发现,易感性杨树“Robusta”防御相关的转录后调控只在PAMPs和PAMP引发的免疫反应(PTI)阶段正常发挥作用。更重要的是,在效应分子引发易感性阶段和接下来的水杨酸通路和超敏反应中,miRNA介导的防御信号通路基因的转录后调控被强毒性锈菌钝化。这种钝化是“Robusta”易感性的主要特征。

本研究中的sRNA测序、降解组测序以及DGE测序由联川生物协助完成

参考文献

Li DL, et al. (2016) MicroRNA-mediated susceptible poplar gene expressionregulation associated with the infection of virulent Melampsora larici-populina. BMCGenomics. DOI 10.1186/s12864-015-2286-6.

联川拥有近10年的非编码RNA科研项目服务经验,用户累计发表非编码RNA文章近300篇,当然是你非编码RNA研究的首选科技合作伙伴。

回复“案例”,查看联川合作课题组最新发表的科研工作。



联川生物技术公司 商家主页

地 址: 杭州经济技术开发区下沙6号大街260号中自科技园16幢4层

联系人: 吴先生

电 话: 0571-87662413

传 真: 0571-81951905

Email:market@lc-bio.com

相关咨询

快来围观,你离高分paper还差一个phasiRNA (2019-01-14T13:34 浏览数:4629)

如何选择合适的qRT-PCR内参基因? (2019-01-14T11:06 浏览数:18420)

为什么要做绝对定量测序-数据分析 (2018-09-21T17:59 浏览数:4422)

低通量单碱基m6A验证的新方法|m6A专题 (2018-09-18T16:04 浏览数:4422)

祝贺联川客户继Nature后又发一篇Nature Genetics (2018-09-18T16:03 浏览数:4231)

联川生物八月份客户文章汇总 (2018-09-18T16:02 浏览数:3100)

联川生物七月份客户文章汇总 (2018-09-18T16:01 浏览数:3087)

肝硬化与肝纤维化研究进展 (2018-09-18T16:01 浏览数:10908)

【用户案例】感染鲫鲤疱疹病毒2的银鲫中miRNA的差异表达 (2018-09-18T16:00 浏览数:3121)

病毒m6A专题 | HIV感染宿主促进病毒及T细胞m6A修饰 (2018-09-18T16:00 浏览数:3687)

ADVERTISEMENT