散点图的正确打开方式 | 分析技能-技术前沿-资讯-生物在线

散点图的正确打开方式 | 分析技能

作者:联川生物技术公司 2017-01-12T10:21 (访问量:12082)


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还记得前几期我们的分析技能小教程吗?还记得那一期不一样的散点图吗?当时我们说一般Excel做出来的散点图并不是那么美丽。当然,那是一般的Excel,今天小编忍痛大放送,大神级别的Excel高级作图秘籍免费传授,教你如何用Excel做出美美哒的散点图~


首先,我们来复习一下什么是散点图,它是用来评价测序的两个样本或者两组数据之间的差异性和一致性,从图中我们可以看出基因的差异表达情况及样本相关性关系。怎么样,散点图是不是很厉害?


接下来,就是画散点图的正确方式啦~小编在这里举个例子来演示一下~


第一步:打开做图所需文件

打开summary文件夹中的3_2_transcript_differential_expression,进入样本组合文件夹*VS*,打开Gene_differential_expression


第二步:将样本中的数据拷贝到Excel中

将样本的fpkm,regulation,significant四列数据拷贝到新excel中,如下:

得到一个新的excel,如下:



第三步:对样本fpkm值进行归一化

对样本fpkm值进行归一化,即分别取log10(fpkm+1),具体操作如下:在E列第2行内写入公式=LOG10(A2+1),敲击enter键,就会得到结果,然后将鼠标置于该单元格的右下角,双击左键,下面的单元格会自动填充,其中A2代表第A列第2行。


第四步:筛选数据

接下来就是对数据进行筛选了,将significant一列的数据按yesno进行筛选,如下:


先将significant一列为no的数据筛选出来将【yes】前的去掉:


这时,C-F列的数据就是significant一列为no的数据了,将C-F列复制到H-K列,如下:


然后,将significant一列为yes的数据筛选出来,并将C-F列复制到M-P列,如下:


接下来,我们需要将significant一列为yes的数据按上调和下调筛选出来,即对M列按updown筛选,方法类似上面,如下:


先筛选down的数据并将M-P列数据复制到R-U列,再筛选up的数据并将M-P列数据复制到W-Z列,然后再将M-P列数据删除,得到如下数据:




第五步:做图

以上是数据的筛选过程,接下来就是做图过程了:

选中E、F两列数据,点击【插入】,点击【散点图】,如下:


初步生成了下面这张图:



第六步:图片修整

下面便是图片修整的过程了:

接下来我们首先查看significantno的数据的行数,所以无显著差异的数据行数为2-129635行


用同样的方法查看表达量下调的数据,为2-530行


表达量上调的数据为2-710行


然后,鼠标右键单击图中点,会出现如下对话框


点击【选择数据】,出现如下对话框:


单击【添加】,编辑【系列名称】-【x轴系列值】-【y轴系列值】,如下所示为无差异显著的数据系列:


采用相似的方法添加下调上调的数据,如下:



单击确定后,出现如下对话框:


然后将第一行数据【log10(N_fpkm+1)】前的去掉,变成如下所示:


单击确定,生成如下图片:


接下来调整点的大小,选中散点,单击右键,再选择【设置数据点格式】,如下:


此时右边会弹出如下对话框:


选择【填充与线条】-【标记】-【数据标记选项】-【内置】,即可修改点的大小,选择【填充与线条】-【标记】-【边框】-【颜色】即可修改点的颜色,如下:


接下来对坐标轴和图例等进行修改,单击【设计】-【添加图标元素】就可以编辑坐标轴标题和图例了:


图例的位置可以根据需要放置在不同位置,图例和轴标题设置好后,出现下图:


我们还可以给图片添加网格线,使图片视觉效果更好,单击【设计】-【添加图标元素】-【网格线】如下:


最后生成图片:



这周我们的分析技能小课堂就结束啦~

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